肥胖会影响身体的许多系统，包括生殖系统。据报道，肥胖女性的不孕率高出正常或超重女性3倍。肥胖与生育能力下降相关的机制是复杂的。主要是由于月经的改变和排卵障碍。
1、影响月经周期
研究人员发现，与BMI小于25 kg/m2的女性相比，BMI大于25 kg/m2的女性可能有较长的卵泡期，较短的黄体期，以及较低的促卵泡激素(FSH)、黄体生成素(LH)和黄体酮(P)水平。这些激素变化可导致卵母细胞质量下降，子宫内膜容受性受损，月经不规律。
2、影响排卵
多囊卵巢综合征(PCOS)与肥胖密切相关。临床上有50%-80%的PCOS患者合并超重或肥胖。虽然肥胖不会直接导致PCOS，但两者关系盘根错节，相互影响。肥胖也会影响下丘脑-垂体-卵巢轴，导致无排卵。前瞻性队列研究随访3.029名有自发排卵的女性，发现BMI>29 kg/m2女性的自然妊娠率呈直线下降，且BMI每增加1 kg/m2.妊娠率就会降低4%。另外，对于拟进行试管婴儿助孕的患者，肥胖患者药物用量增多，用药时间长，费用增加，但获卵数减少，着床率、临床妊娠率、活产率降低，流产率、周期取消率升高。
3、自然流产风险增加
肥胖患者可能存在性激素紊乱、代谢失调等病理变化，其中高黄体生成素(LH)、高雄激素(T)、糖耐量受损，黄体功能不全，和血栓形成倾向等，被认为是自然流产率增高的独立高危因素。
对于男性来说，睾丸在生产精子的过程中，需要比体温低3~5摄氏度。
若温度过高，比如与体内一样达到37摄氏度，睾丸生成精子的过程就会受到严重影响，畸形精子数量大增。
其实男性的生理构造和功能，原本可以保障睾丸适宜的温度。
具体而言，正常体重的男士，在冬日里随着气温降低，阴囊往往绷得很紧，处于收缩状态以利保暖。
而在盛夏，由于气温过高，阴囊会松弛下来，携带睾丸下移，一方面可离开躯体较远、利于散热，另一方面因阴囊松弛变薄，也利于热量向体外发散。
如此进行自我调节，可以保持阴囊的温度维持在较低水平，保障睾丸正常的生精功能。
但在肥胖男性身上，这种自我调节的“天赋”会大打折扣。
肥胖者的大腿通常较粗，两条大腿的内侧皮肤紧贴，走路时反复摩擦，容易使得局部体温增高。处于两腿根部的阴囊则恰好正处其间，自然在所难逃。
